주인공 : 카무이
조연 : 나롤(글루토니 왕), 레오다스(글루토니 1군단장, 남부해방군 수장), 세크리디스(글루토니 3군단장), 테오나(아레나 챔피언), 히샴, 야곱(세피라 족장), 이시도르(세피라 무사 대장), 말타(세피라, 정화의 그릇), 로기, 디오스, 아가사, 티나, 모카, 몬제인.

카무이는 정처없이 사막을 헤매던 중 진리의문으로 소환되어 우로보로스와 만난다. 그리고 사막을 배회하기까지의 여정을 회상한다

세피라의 피를 이어받은 카무이는 모래 폭풍에 의해 가족을 잃고 고아가 되었다. 고아가 된 후 떠돌다가 세피라에게 발견되어 연금술을 익히고 스피릿 본더로 성장한다. 그러던 어느날 글루토니 포스의 수도 에오스에 있는 성석 벨제붓의 상태를 확인하기 위해 에오스로 출발한다. 에오스로 가던 도중 가족을 잃고 기억도 잃은 소년 히샴을 만나 동행한다.

에오스에 도착한 카무이 일행은 도적을 만나 물리친다. 그리고 짐을 풀고 간 아레나에서 도적을 다시 만나 쓰러뜨리지만 알고보니 아레나 참가 선수였던 관계로 카무이가 대신 출전하게 된다. 대전 상대는 챔피온인 테오나였고, 카무이는 패한다.

글루토니 포스의 나롤 왕과 만나고 성석 벨제붓을 확인한 카무이는 벨제붓의 저주가 한층 강해진 것을 확인한다. 성석의 상태는 그 나라의 사정을 반영하는데 남북이 내전 중인 상황이 성석 벨제붓에게까지 영향을 미친 것이다.

카무이는 나롤 왕에게 성석 벨제붓을 세피라로 가져가 정화할 것을 요청 하지만, 나롤 왕은 남부의 세피라로 성석을 가져가는 것은 북부인들에게 오해를 살 수 있음을 이유로 거절한다. 대신 사가의 바람 부족에 보낼 계획이 있음을 알려주고 카무이는 물러난다.

왕궁을 나온 뒤 성기사단의 와기나오가 카무이에게 접근한다. 경계하는 카무이에게 자신도 세피라 출신임을 보이고, 남부지역의 가이드를 해줄 것을 요청한다. 와기나오와 카무이 일행은 남부로 이동하는 도중 북부의 병사들이 도망가는 남부의 백성들을 학살한 현장을 보게되고, 남부에 힘을 실어 줄 것을 결심한다.

하지만 와기나오는 전의를 잃은 북부의 병사들을 모두 몰살하는데 그 이유는 잘못된 명령을 따랐기때문이라고 말한다. 와기나오의 사상의 위험함을 느낀 테오나는 와기나오를 견제하기 위해 남부군에 남는다.

카무이와 히샴은 남부군을 떠나 세피라의 마을에 도착한다. 히샴은 자던 중 자신을 부르는 소리에 이끌려 세피론으로 가게되고, 세피론을 만지게 되는 순간 잼이 나타난다. 가족과 마을을 잃었던 히샴의 슬픈 기억이 세피론에 영향을 준것이다. 족장 야곱은 카무이가 수호자가 되어 히샴과 마을을 지키거나, 히샴을 추방하는 두가지 방법밖에 없다고 한다.

히샴은 잃어버렸던 기억을 떠올리고, 자신이 자란 마을을 찾아간다. 폐허가 된 마을을 보고 다시 슬픔에 잠기는 히샴에 의해 잼이 나타난다. 잼을 무찌른 후 카무이는 수호자가 되기로 결심한다.

마을 밖에 캐러밴이 왔다는 소식에 카무이는 물건을 사러 나가고 상인에게서 세피라에 대한 것을 탐문하는 글루토니의 병사를 만나지만 와기나오와 성기사단의 도움으로 무사히 마을로 돌아온다. 와기나오는 훨씬 이전의 수호자로써 전대 수호자의 갑작스런 죽음으로 계승이 끊긴 수호자 수업을 대신 해주기 위해 온 것이다.

말타가 쓰러지고 세피론이 밝게 빛나기 시작한다. 성석 벨제붓의 봉인이 약해지고 깨어나기 시작한 것이다. 족장 야곱은 전사장 이시도르에게 병력을 모을 것을 지시하고, 말타는 세피론을 강화하고 성석을 봉인할 의식을 준비한다. 말타의 꿈은 카무이와 멀리 떠나 가정을 꾸리는 것이었지만 카무이는 말타의 고백을 거절하고 수호자로써의 삶을 택한다. 카무이는 와기나오로부터 수호자의 기술을 배우고 연금술의 기원에 대해 배운다.

연금술은 스피릿본딩으로부터 파생하였다. 엔메르와 니무르는 세피라 일족이었다. 세피라는 세피론으로부터 선택받은 일족이며, 세피라만이 스피릿본딩을 사용할 수 있다. 니무르는 모든 사람이 스피릿본딩을 사용하길 원해 연금술을 만들었고, 세피론의 역할을 할 바벨탑을 만들었다. 또한 바벨탑은 저너머로 가는 문이다. 니무르는 문을 넘어가면서 바벨탑을 파괴했고, 이 세상에 남아있는 연금술은 엔메르가 바벨 성단을 통해 남긴 잔재이다. 그렇기때문에 연금술은 세피론을 통해 진실 자체에서 문을 통해 힘을 끌어오는 스피릿본딩에 비할바 못되며, 연금술로는 성석의 힘을 이길 수 없다. 성석은 연금술의 근원이 세피론이 만들어낸 지혜의 수정이고, 세피론은 수호자의 보호아래 비밀로 지켜져 한다.

한편 마을 밖을 정찰하던 이시도르 앞에 세크리디스 장군이 나타난다. 세크리디스는 이시도르에게 세피론 부활 의식은 말타의 희생이 필요하며, 이것은 족장 야곱이 알면서도 진행한 것이라고 하여 의심의 싹을 심는다. 이시도르는 조금씩 의심하며 마을로 복귀한다.

가르침을 마친 와기나오는 떠나가고, 카무이는 수호자로써 말타의 부활의식을 위해 수목제단으로 향한다. 말타는 자신을 희생하여 세피론의 어둠을 흡수하고 세피론을 부활시킨다.

세피론의 부활을 흡족한 모습으로 바라보던 와기나오 앞에 세크리디스 장군이 나타난다. 장군 옆에는 와기나오의 부하였으나 배신한 백골이 있다. 그들은 세피론에 대해 알고 있었고, 와기나오의 연금술을 성석으로 무력화한다. 세크리디스는 세피론을 파괴하고 성석의 힘으로 세계를 정복하는 욕망을 보인다.

글루토니 군의 침공으로 부활의식이 중단된다. 학살 속에서 카무이는 히샴에게 말타를 부탁하고 방어에 나선다. 이시도르는 복귀 후 불타는 마을을 보고 촌장에게 향한다. 촌장은 말타의 희생으로 세피론이 부활만 한다면 방어에 성공할 것이라 말하지만, 말타를 사랑하는 이시도르는 분노에 의해 어둠의 힘에 사로잡힌다. 촌장은 이시도르에게 촌장직을 넘기고 글루토니 군에게 뛰어든다.

방어를 하며 마을 사람을 구출하던 카무이에게 이시도르가 합류한다. 점점 어둠의 힘에 폭주하려는 이시도르를 말타를 언급하여진정시킨다. 이어 남부해방군과 성기사단 그리고 테오나가 합류한다.

카무이와 이시도르는 의식이 진행중인 수목제단에 도착하고, 세크리디스와 백골이 세피론의 어두운면인 크라이폰을 이끌어내고 있는 모습을 목격한다. 세크리디스가 가지고 있던 성석은 성기사단이 오랜세월에 걸쳐 인공으로 성석을 만든 것이었으며, 빈깡통에 불과하였다. 세크리디스는 원래 성석 벨제붓의 힘으로 채우려고 하였으나, 나롤 왕은 암살당하는 순간까지 벨제붓의 위치를 함구했다. 그래서 방향을 바꿔 크라이폰의 힘으로 채우기위해 의식을 진행하는 진행하는 중이었다.

와기나오는 세피론이 크라이폰으로 바뀌는 의식은 막지 못하였지만, 크라이폰을 봉인하는데는 성공한다. 와기오는 세피라의 문신을 태우고 스스로의 생명력을 희생하여 문을 닫고 카무이에게 인공 성석을 파괴할 것을 주문한다.

이제 세피론의 생존자들과 남부해방군은 사막지대로의 탈출을 시도한다. 북부군과의 전력차가 너무 큰 관계로 레오다스는 세크리디스에게 글루토니인이라면 거절하면 안되는 일기토를 신청한다. 승리를 위해 룰을 어기고 테오나 히샴이 함께 공격하지만 세크리디스는 인공 성석의 힘으로 일행을 압도한다. 와기나오가 크라이폰의 힘을 억제했지만, 인공 성석은 남아있기에 인공 성석의 힘으로 병사들을 잼으로 오염시켜 알케미를 추출한 것이다. 테오나는 카무이을 대신해 죽고, 절망적인 상황에서 카무이는 와기나오의 조언을 떠올리고 진실의 문을 열고 빛이 되어 사라진다.

한편 카무이가 세크리디스를 상대하는 동안 남부의 사막지대로 피난을 가던 이시도르와 기억을 잃은 말타, 히샴, 세피라 부족은 거대한 잼의 파도에 휩쓸린다.

다시 회상 시점으로 돌아와 카무이는 세피라의 마지막 수호자로써 세피라 부족을 지켜야 할 의무를 떠올린다. 스스로를 보호하는 것이 아닌, 타인을 위한 연민의 힘은 우로보로스와의 계약이 필요없었고 다시 사막지대로 돌아온다.

마을을 찾아가 세피라의 행방을 묻는 카무이에게 상인은 글로토니 내전은 수십년 전에 종료되었다고 말한다. 진실의 문을 연 카무이는 와기나오와 같아 인간보단 영에 가까운 형태가 되었으며 그 상태로 수십년동안 사막을 떠돈 것이다. 상인은 세피라의 난민은 귀족의 소유로 있다고 알려준다. 혼란스러워 하는 카무이에게 히샴이 접근한다.

히샴은 몇십년 동안 변하지않은 카무이의 모습에 놀란다. 수십년 전 잼의 파도가 밀려오는 상황에서 이시도르와 말타는 행방불명되었고, 히샴이 리더가 되어 세피라를 이끌고 있었다.

히샴과 카무이는 과일행상이라는 클랜을 만들고, 상인과 비밀리에 협의하여 글루토니 군이 호위하는 상인을 약탈하고 약속된 장소에서 상인에 약탈한 물건을 돌려주는 일을 하게된다. 명성이 퍼지고 라일이 이끄는 데자트 윙, 카를라가 이끄는 실버호크와 동맹을 맺는다.

실버호크와 활동하는 도중 백골을 만난다. 그리고 백골과 함께있는 망토를 쓴 와기나오를 만난다. 다크 소서러가 된 와기나오는 힘을 추구하며 세피라를 공격하고 있었다. 카무이는 테오나를 연성하여 맞서고, 와기나오는 훗날 재회를 기원하며 사라진다.

이후 카무이와 라일은 오리온의 그리드 다이크가 성석을 모으기 위해 일으킨 전쟁을 걱정하면서도 성석이 없어서 안전한 사막에 안도한다.

시점은 이제 현재(로기 시대)로 돌아온다. 글루토니 포스는 사가 원정에 실패한 결과로 폭동이 발생한다. 글루토니 포스의 왕 세크리디스4세는 평화롭게 진정시키길 원하지만 100년간 암중에서 글루토니 포스를 지배한 세크리디스는 힘으로 제압할 것을 명한다. 세크리디스는 가짜 성석의 힘으로 잼을 움직여 사람들의 알케미를 강탈하고 그 힘으로 100년을 살아왔다.

세피라 부족은 둘로 갈라져 현실을 인정하고, 미래를 향해 살아가는 과일행상 클랜과 세상의 모든 지혜를 모아 세피론을 부활시키려는 지혜수집가로 나뉘었다.

세크리디스는 세피론을 부활시켜 크라이폰으로 바꾸려는 목적이 있기때문에 지혜수집가 행동을 같이 하고 있다.

마리는 세피라 부족으로 글루토니 포스에서 귀족으로 생활한다. 게오르기스 장군과는 사촌이다. 세크리디스4세의 밀명으로 반군을 돕기위해 왕궁을 나와 사막으로 가지만 지혜수집가의 습격을 받는다. 다행히 지나가던 티나와 모카에게 구함을 받고 동행한다.
세피라가 성석의 위치를 알아낼 수 있다는 정보를 입수한 로기는 블루 프레임 기사단과 리자드 여단의 생존자로 구성된 푸른혀클랜을 이끌고 사막을 헤매던 중 과일행상과 동행하게 된다. 카무이는 로기를 시험한 후 세피라임을 밝히며 동행하게 된다. 계속해서 지혜수집가에게 쫒기던 티나 일행을 보고 도움을 주고 일행이 된다.

아가사의 몸속에 있는 성석 사탄의 위치를 찾기위해 로기, 티나, 카무이는 수목제단으로 향한다. 마리와 모카는 푸른혀 클랜과함께 사막지대에 남는다.

국경을 넘어 수목제단에 도착한 로기 일행을 후드를 쓴 수목제단의 수호자(몬제인)가 맞아준다. 성석벨제붓과 성석 레비아탄의 힘으로 카무이는 아가사가 진리의 문 근처의 어딘가에 끼여있다는 것을 알아내고, 로기와 함께 이동한다.

로기는 크리스탈에 갖혀있던 아가사를 성석 레비아탄의 힘을 각성시켜 구출하지만 아가사는 기억을 잃은 상태이다. 사막지대로 복귀 도중 반군의 수장 아델베르트와 만나고 합류한다. 세크리디스4세는 왕궁을 몰래 빠져나와 아델베르트에게 글루토니 포스가 곧 사막지대를 침공할 것을 알려준다.

한편 마리를 보호하던 푸른혀 클랜에 디오스가 찾아온다. 로기의 위치를 묻는 디오스와 대치 중 세피론의 새로운 정화의 그릇이 될 마리를 납치하려는 성기사단의 시체가 끼어들고, 근처에 있던 게오르기스 장군까지 합류하여 백골을 물리친다. 계속해서 백골이 몰려오고 푸른혀 클랜을 찾아온 카무이와 로기가 합류하여 물리친다.

로기와 디오스는 오래간만에 재회하고, 다시 맞붙는다. 대결은 힘을 일깨운 로기의 승리로 끝나고 로기는 푸른혀 클랜을 찾아 떠난다.

카무이는 디오스에게 의지를 연금술에 싣는 훈련을 할 것을 제안하고 함께 훈련장으로 떠난다. 훈련장에서 카무이는 지크를 연성한다. 지크는 디오스가 자신을 죽인 것에 대한 후회를 떨쳐내고 삐뚫어진 세상을 바꾸는 칼로써 로기와 아가사의 부족한 면을 메꾸는 일을 하길 바한다. 디오스는 깨달음과 함께 강해진다.

카무이는 로기, 티나와 함께 글루토니 포스의 왕성에 침투해 세크리디스를 제거하기로 하고, 게오르기스 장군이 이끄는 반군은글루토니 포스군의 시선을 끌기로한다. 아가사와 마리는 모카와 함께 세크리디스4세의 요새에 남는다.

카무이 일행은 글로토니포스의 수도에 있는 왕궁에 잡입하지만 수도내에 사람이 거의 없고 잼만 가득한 것을 목격한다. 그들을 기다리고 있던 지혜수집가의 함정이었음을 깨닫고, 카무이가 막는동안 로기와 티나는 요새로 달려간다. 하지만 이미 모카의 저주로 위치를 파악한 지혜수집가에 의해 마리가 납치된다. 수목제단에서 마리를 기다리던 세크리디스는 수도에 살았던 이들의 피로는 의식을 행함에 부족함을 깨닫고, 병사들을 희생시킨다.

왕궁을 탈출한 카무이는 석회석 공장에 잼이 접근하지 않는 것을 보고 대응책을 깨닫는다. 잼은 수분으로 이루어져 있기때문에 탈수가 가능한 석회석에는 가까이 가지 않는 것이다. 같은 이유로 사막에서 잼이 약해져 함부로 쳐들어오지 못했고, 반대로 사가는 습하기때문에 왕성하게 활동할 수 있었다. 일행은 새롭게 알아낸 방식을 바탕으로 석회석을 최대한 끌어모으고 반격에 나선다. 카무이와 로기는 수목 제단에 침투하여 마리의 구출을, 게오르기스와 티나는 석회석을 이용한 반군의 반격을 맡는다. 모카는 아가사와 함께 저주를 이용하여 잼을 유인하고 디오스와 성기사단이 참전하게 만든다.

수목 제단에 침투한 카무이와 로기는 의식을 중단시키지만 세크리디스와 지혜수집가에게 고전한다. 게오르기스가 합류하여 마리를 구하지만 지혜수집가의 공격에 중상을 얻게되고 이를 본 마리는 절망에 빠지며 크라이폰이 부활한다. 지혜수집가는 세크리디스의 뒷통수를 치고 마리를 차지한다. 카무이와 로기는 게오르기스를 안고 후퇴한다.

중상을 입고 죽어가는 게오르기스는 카무이에게 자신을 연성해 줄 것을 요청하고, 카무이는 받아들인다. 카무이는 티나에게 넘겨받은 성석 밸제붓의 힘으로 그동안 함께 했던 동료들(야곱, 레오다스, 테오나, 히샴, 라일, 발트, 라일)을 한번에 연성한다. 아가사 역시 성석 사탄의 힘으로 아나스타샤와 라스트리스 3대 장군(네빌, 블러드, 카이사르)를 연성한다. 일행은 잼을 물리치고 수목제단에 도달하고, 카무이는 마리로부터 크라이폰을 꺼내 자신의 몸으로 옮기려는 순간 죽은 줄 알았던 세크리디스가 나타나 크라이폰을 인공성석에 흡수한다. 카무이는 진리의 문의 틈에 세크리디스와 함께 이동하고, 이시도르를 연성하여 새크리디스를 무찌른다. 소멸해가는 카무이 앞에 우로보르스가 나타나고 수호자의 임무는 끝났지만 아직 와기나오가 남어있다는 것을 상기시킨다. 카무이는 수호자의 임무가 아닌 세상을 지켜보는 것을 원하여 계약이 맺어진다.

몇일 후, 글루토니 포스는 세크리디스4세가 물러나고 민주주의 국가가 되려고 한다. 모카는 잼의 저주가 사라지고, 티나와 함께 사가로 돌아간다. 디오스는 함께하자는 로기의 제안을 거절하고 보고를 위해 성기사단으로 돌아간다. 그리드 다이크에 가려고 하는 로기와 아가사에게 제단의 수호자였던 몬제인이 나타나 정체를 밝힌다. 몬제인은 게오르기스처럼 연성이 된 상태로 100여년을 제단의 수호자로 살아왔다. 몬제인은 로기가 와다츠미 왕가의 자손임을 밝히며 와다츠미 왕국으로 갈 것을 권하고 힘을 다해 사라진다.

한편 와기나오는 백골의 보고를 받고 있다. 성석 사탄의 각성과 카무이가 세피론의 축복을 잃은 것으로 목적을 달성했다 말한다. 그리고 쓸모없어진 디오스의 척살과 다음 활동지로 와다츠미를 설정한다.

에드거는 아마네와 함께 로기가 와다츠미에 도착하기 전에 찾아서 건내줘야 할 물건을 찾고있다.